Die Geschichte von Tadschikistan im XIII Jahrhundert beginnt mit der Eroberung Zentralasiens von mongolischen Truppen des Dschingis Khan und endet im XIX Jahrhundert mit Spaltung Zentralasiens. Während der Ära des großen Feldherrn Amir Temur (Tamerlane) in der zweiten Hälfte des XIV. Jahrhunderts erlebte Zentralasien eine neue Blütezeit. Samarkand wurde die Hauptstadt des Timuridenstaates, der sich nach Amir Temurs Tod Anfang des XV. Jahrhunderts in zwei Teile spaltete. Ab der Mitte des XV. Jahrhunderts begann die Phase der Spaltung. Ende des 15. Jahrhunderts waren die letzten Eroberer aus der Steppe die Turkstämme der Scheibaniden, angeführt vom Usbekischen Khan (daher der Eigenname der Usbeken), aber ihr Einfluss im heutigen Tadschikistan begann bald nach der Eroberung zu verringen.
In der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts begann der Zerfall des Sheibanidenstaates. Das Khanat Chiwa wurde gegründet. In den 1740er Jahren wurde Buchara von den Truppen des Gouverneurs von Iran erobert. An der Spitze des Khanats von Buchara stand 1753 Muhammad Rahim, der die Dynastie gründete, die das Khanats von Buchara bis 1920 regierte. Zu Beginn des XVIII. Jahrhunderts wurde auch das Khanat Kokand gebildet. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde das Gebiet des heutigen Tadschikistan zwischen dem Khanat Kokand (im Fergana-Tal gelegen), dem Khanat Buchara und dem Königreich Afghanistan aufgeteilt, die ständig um diese Gebiete kämpften.
Im 17. bis 18. Jahrhundert kam es in Zentralasien zu einem wirtschaftlichen und kulturellen Absturz. Nicht nur der Feudalstreit, sondern auch die Tatsache, dass die Karawanenhandelsroute nach Europa nach der Großen Geographischen Entdeckung endgültig der Konkurrenz der Seehandelsrouten endgültig unterlag, trug zu diesem Rückgang bei.