La storia del Tagikistan nel XIII secolo inizia con la conquista dell’Asia centrale da parte delle truppe mongole di Gengis Khan e finisce nel XIX secolo con la divisione dell’Asia Centrale. Durante l’era del grande generale Amir Temur (Tamerlano) nella seconda metà del XIV secolo, l’Asia centrale conobbe un nuovo periodo di prosperità. Samarcanda divenne la capitale dello stato Timurid, che si divise in due parti dopo la morte di Amir Temur all’inizio del XV secolo. Dalla metà del XV secolo, iniziò il periodo della divisione. Alla fine del XV secolo, gli ultimi conquistatori delle steppe furono le tribù turche degli Sheibanidi, guidate dal khan uzbeko (da cui il nome proprio degli uzbeki), ma la loro influenza in quello che oggi è il Tagikistan cominciò a diminuire poco dopo la conquista.
Nella prima metà del XVI secolo, lo stato sheibanide cominciò a disintegrarsi. Il khanato di Khiva fu stabilito. Nel 1740, Bukhara fu conquistata dalle truppe del governatore dell’Iran. A capo del Khanato di Bukhara nel 1753 c’era Muhammad Rahim, che fondò la dinastia che governò il Khanato di Bukhara fino al 1920. All’inizio del XVIII. Nel secolo scorso si formò anche il Khanato di Kokand. All’inizio del XIX secolo, il territorio dell’attuale Tagikistan era diviso tra il Khanato di Kokand (situato nella valle di Fergana), il Khanato di Bukhara e il Regno dell’Afghanistan, che si contendevano costantemente questi territori.
Nei secoli XVII e XVIII, l’Asia centrale ha vissuto un crollo economico e culturale. Non solo la disputa feudale, ma anche il fatto che la rotta del commercio carovaniero verso l’Europa ha finalmente ceduto alla concorrenza delle rotte commerciali marittime dopo la Grande Scoperta Geografica ha contribuito a questo declino.