История Таджикистана в XIII веке начинается с завоевания Центральной Азии монгольскими войсками Чингисхана и заканчивается в XIX веке с разделением Центральной Азии. В эпоху великого полководца Амира Темура (Тамерлана) во второй половине XIV века Средняя Азия переживала новый расцвет. Самарканд стал столицей государства Тимуридов, которое после смерти Амира Темура в начале XV века разделилось на две части. С середины XV века начался этап деления. В конце XV в. последними завоевателями из степи были тюркские племена Шейбанидов во главе с Узбек-ханом (отсюда и собственное имя узбеков), но их влияние в современном Таджикистане вскоре после завоевания начало ослабевать.
В первой половине XVI века начался распад государства Шейбанидов. Было основано Ханство Хива. В 1740 году Бухара была захвачена войсками иранского губернатора. Во главе Бухарского ханства в 1753 году стоял Мухаммад Рахим, который основал династию, правившую Ханством Бухара до 1920 года. В начале XVIII века также было образовано Кокандское ханство. В начале XIX века территория современного Таджикистана была разделена между Кокандским ханством (расположенным в Ферганской долине), Ханством Бухара и царством Афганистан, которые постоянно воевали за эти территории.
В XVII-XVIII вв. Центральная Азия пережила экономический и культурный крах. Этому способствовал не только феодальный спор, но и тот факт, что после Великого географических открытий караванный торговый путь в Европу окончательно уступил место конкурентам морских торговых путей и изменили история Таджикистана в XIII – XIX веке.
