L’histoire du Tadjikistan au XIII siècle commence avec la conquête de l’Asie centrale par les troupes mongoles de Gengis Khan et se termine au XIX siècle avec la division de l’Asie Centrale. À l’époque du grand commandant Amir Temur (Tamerlane), dans la seconde moitié du XIVe siècle, l’Asie centrale a connu une nouvelle apogée. Samarkand est devenue la capitale de l’État timuride, qui s’est scindé en deux parties après la mort de l’Amir Temur au début du XVe siècle. À partir du milieu du XVe siècle, la phase de division a commencé. À la fin du XVe siècle, les derniers conquérants de la steppe étaient les tribus turques des Chaybanides, dirigées par le Khan ouzbek (d’où le nom propre des Ouzbeks), mais leur influence dans le Tadjikistan actuel a commencé à décliner peu après la conquête.
Dans la première moitié du XVIe siècle, la désintégration de l’État de Chaybanides a commencé. Le Khanate Khiva a été fondé. Dans les années 1740, Boukhara a été conquise par les troupes du gouverneur de l’Iran. A la tête du Khanat de Boukhara en 1753 se trouvait Muhammad Rahim, qui a fondé la dynastie qui a régné sur le Khanat de Boukhara jusqu’en 1920. Au début du XVIIIe siècle, le Kokand Khanate a également été formé. Au début du XIXe siècle, le territoire de l’actuel Tadjikistan était divisé entre le Khanate de Kokand (situé dans la vallée de Fergana), le Khanat de Boukhara et le Royaume d’Afghanistan, qui se battaient constamment pour ces territoires.
Du XVIIe au XVIIIe siècle, l’Asie Centrale a connu un effondrement économique et culturel. Non seulement la dispute féodale, mais aussi le fait qu’après la Grande découverte géographique, la route commerciale des caravanes vers l’Europe a finalement succombé à la concurrence des routes commerciales maritimes ont contribué à ce déclin.
