En 1864, les troupes russes envahissent l’Asie Centrale. En 1867, le Gouvernement général du Turkestan a été fondé. 1868 – défaite des troupes de Boukhara et signature du traité de paix avec la Russie tsariste, selon lequel une partie du territoire du Khanat avec les villes les plus développées était subordonnée à la Russie (annexée au Gouvernement général du Turkestan, qui s’appelait Région depuis 1886). En août 1873, un traité de paix avec Khanat de Khiva a été signé, dans lequel le protectorat de la Russie a été reconnu. Le même traité avec l’Émirat de Boukhara a été signé en septembre 1873. En conséquence, le Khanat de Khiva et l’Émirat de Boukhara (qui a existé jusqu’en 1920), y compris le Tadjikistan actuel, étaient situés dans l’Empire Russe, préservant ainsi formellement leur souveraineté d’Etat.
Mais dans les accords avec la Russie, les dirigeants de ces khanats ont dû faire des concessions considérables : Les khanats ont été ouverts aux marchands russes et ont ensuite été intégrés à la frontière douanière russe. Ils ont dû payer à la Russie des contributions militaires élevées, qui ont constitué un lourd fardeau pour l’économie. Des conseillers russes ont été affectés aux deux dirigeants pour le contrôle, de sorte que Boukhara et Khiva étaient complètement dépendants de la Russie dans leur politique étrangère. Cependant, la structure sociopolitique et l’organisation interne des khanats sont restées les mêmes : les Khans de Boukhara et de Khiva ont continué à régner sur leurs sujets (seule la traite des esclaves était interdite). L’Islam reste la principale religion et exerce une influence déterminante sur la société et la culture.
En 1876, après le soulèvement de 1873-1876, le Khanat de Kokand a été aboli et son territoire a été incorporé à la région de Fergana de l’administration générale du Turkestan.
En 1885, le traité russo-anglais a établi la frontière avec l’Afghanistan au niveau du fleuve Punjab, annexant dans l’Empire Russe la quasi-totalité du territoire de l’actuel Tadjikistan. 1910-1920 – le règne du dernier émir d’Olimkhan à Boukhara.
Si les interventions de la Russie dans les domaines social et culturel ont été minimes, ses activités économiques ont eu de graves conséquences pour l’ensemble de la région. Il y a eu des changements économiques importants dans ce domaine.
L’élite Tadjike, ainsi que toute l’élite d’Asie centrale, n’est pas socialement intégrée dans une société de l’Empire Russe. Ni les résidents nomades ni les sédentaires des Khanates n’étaient considérés comme des Russes brisés (ils avaient le statut d’étrangers). Les autorités russes n’ont pas fait de grands efforts pour développer des activités missionnaires ou pour russifier la population locale sur le plan linguistique et culturel. L’administration russe a délibérément gardé un clerc musulman conservateur qui a gardé le contrôle des écoles et s’est vu garantir une vaste propriété foncière (vacufs). L’activité missionnaire de l’Église orthodoxe est catégoriquement interdite.
Mais même une telle politique russe “neutre” a eu un impact significatif sur les processus économiques, sociaux et politiques en Asie centrale. Le système d’administration militaire (pendant de nombreuses années sous la forme d’un gouverneur général) et une présence militaire importante garantissaient la loyauté de la population. Le statu quo (“situation d’avant-guerre”) en termes de gouvernance locale, de procédures judiciaires et de propriété foncière (avec des droits particulièrement importants sur les ressources en eau) a été maintenu. Cependant, le système de collecte des impôts a été progressivement unifié et une réforme foncière limitée a été réalisée, ce qui a quelque peu affaibli le savoir féodal.
La politique russe en Asie centrale était assez souple et rationnelle, même si les abus de l’administration régionale russe n’étaient pas rares. En 1910 et 1913, des soulèvements ont été organisés par l’élite locale dans l’est de l’Émirat de Boukhara. Cependant, ils ont été supprimés. La révolution de 1905 n’a guère eu d’impact sur l’Asie Centrale. A la Première Duma, la région n’avait que six représentants. En juillet 1916, des affrontements sanglants ont éclaté à Khujand entre la population locale et les troupes tsaristes, déclenchés par l’introduction du recrutement forcé en Asie centrale, dont la population était traditionnellement libérée. Les troubles ont continué dans d’autres parties de la région, mais ont été sévèrement réprimés.
