Nel 1864, le truppe russe invasero l’Asia Centrale. Nel 1867 fu istituito il governo generale del Turkestan. 1868 – sconfitta delle truppe di Bukhara e firma del trattato di pace con la Russia zarista, secondo il quale una parte del territorio del Khanato con le città più sviluppate fu subordinata alla Russia (annessa al Governatorato Generale del Turkestan, che fu chiamato Regione dal 1886). Nell’agosto 1873, fu firmato un trattato di pace con il Khanato di Khiva, riconoscendo il protettorato della Russia. Lo stesso trattato con l’Emirato di Bukhara fu firmato nel settembre 1873. Di conseguenza, il Khanato di Khiva e l’Emirato di Bukhara (che esisteva fino al 1920), compreso l’attuale Tagikistan, erano all’interno nell’Impero Russo, conservando formalmente la loro sovranità statale.
Negli accordi con la Russia, tuttavia, i governanti di questi khanati dovettero fare notevoli concessioni: I khanati furono aperti ai mercanti russi e più tardi inclusi nel confine doganale Russo. Dovevano pagare alla Russia alti contributi militari, che erano associati a un pesante onere per l’economia. Consiglieri russi furono assegnati ai due governanti per il controllo, così che Bukhara e Khiva erano completamente dipendenti dalla Russia per la loro politica estera. Tuttavia, la struttura socio-politica e l’organizzazione interna dei khanati rimasero le stesse: i khan di Bukhara e Khiva continuarono a governare sui loro sudditi (solo il commercio degli schiavi era proibito). L’Islam rimase la religione principale ed ebbe un’influenza determinante sulla società e la cultura.
Nel 1876, dopo la rivolta del 1873-1876, il Khanato di Kokand fu abolito e il suo territorio incorporato nella regione di Fergana del governo generale del Turkestan.
Nel 1885, l’accordo russo-inglese stabilì il confine con l’Afghanistan al fiume Punj, annettendo quasi tutto il territorio dell’attuale Tagikistan nell’Impero Russo. 1910-1920 – gli anni di regno dell’ultimo Emiro di Olimkhan a Bukhara.
Mentre l’intervento della Russia nella sfera sociale e culturale fu minimo, le sue attività economiche ebbero gravi conseguenze per l’intera regione. Ci sono stati cambiamenti economici significativi in questa zona.
L’élite tagika, come tutta l’élite dell’Asia Centrale, non è socialmente integrata nella società dell’impero Russo. Né gli abitanti nomadi né quelli stanziali dei khanati erano considerati russi rotti (avevano lo status di stranieri). Le autorità russe non fecero molti sforzi per sviluppare le attività missionarie o per russificare la popolazione locale linguisticamente e culturalmente. L’amministrazione russa preservò deliberatamente un clero musulmano conservatore, che mantenne il controllo sulle scuole e si garantì ampie proprietà terriere (vakufs). L’attività missionaria della Chiesa ortodossa era categoricamente proibita.
Tuttavia, anche una tale politica “neutrale” della Russia ha avuto un impatto significativo sui processi economici, sociali e politici in Asia Centrale. Il sistema di amministrazione militare (per molti anni sotto forma di un governatore generale) e una significativa presenza militare garantirono la fedeltà della popolazione. Lo status quo (“situazione prebellica”) in termini di governance locale, processi giudiziari e proprietà della terra (con i diritti alle risorse idriche particolarmente importanti in questo caso) è stato mantenuto. Tuttavia, il sistema di riscossione delle tasse fu gradualmente unificato e fu realizzata una limitata riforma agraria, che indebolì un po’ la conoscenza feudale.
La politica russa in Asia Centrale era abbastanza flessibile e razionale, anche se gli abusi dell’amministrazione regionale russa non erano rari. Nel 1910 e nel 1913, ci furono delle rivolte organizzate dall’élite locale nell’est dell’Emirato di Bukhara. Tuttavia, sono stati soppressi. La rivoluzione del 1905 ebbe poco impatto sull’Asia Centrale. Nella prima Duma, la regione aveva solo sei rappresentanti. Nel luglio 1916, scoppiarono sanguinosi scontri a Khujand tra la popolazione locale e le truppe zariste, innescati dall’introduzione del reclutamento obbligatorio in Asia centrale, da cui la popolazione era stata tradizionalmente esentata. I disordini continuarono in altre parti della regione, ma furono duramente repressi.
