Le 27 juin 1997, le président Rakhmonov et le chef de l’opposition tadjike unie, Nuri, ont signé à Moscou l’Accord général sur la paix et l’accord national, après la fin officielle de la guerre civile au Tadjikistan. Cet accord, complété par un protocole sur les problèmes militaires signé le 8 mars 1997, prévoit la légalisation de toutes les parties formant l’opposition tadjike unie, le retour des réfugiés et des forces d’opposition stationnés en Afghanistan et leur intégration dans l’armée existante, ainsi que l’octroi d’un quota de 30 % à l’opposition tadjike unie au sein du gouvernement et des autorités régionales. Les parties ont convenu que la Commission de réconciliation nationale devrait comprendre 26 personnes, réparties à parts égales entre le gouvernement et l’opposition tadjike unie. La mise en œuvre de l’accord ne s’est pas déroulée sans heurts et, à la mi-janvier, l’opposition tadjike unie s’est temporairement retirée de la Commission, accusant le gouvernement de retarder délibérément la mise en œuvre. Afin d’éviter une nouvelle escalade du conflit, le président Rakhmonov a dû nommer cinq représentants de l’opposition tadjike unie au sein du cabinet le 12 février 1998. À la fin de 1998, le président Rakhmonov avait nommé 14 représentants de l’opposition tadjike unie au sein du cabinet, bien que seuls quelques-uns d’entre eux aient occupé des postes décisifs. Parmi eux figuraient le représentant du Parti démocratique, Abdunabi Sattorzoda (vice-ministre des affaires étrangères), et Mirzo Ziyoev, une figure éminente de l’IRP et chef de l’opposition tadjike unie, qui voulait le poste de ministre de la défense mais devait accepter de diriger le ministère des urgences. Dans le même temps, Akbar Turajonzoda, l’un des principaux leaders de l’opposition, a été nommé premier vice-premier ministre, poste qu’il a occupé jusqu’en 2005.
Des affrontements militaires distincts se sont poursuivis tout au long de l’année 1998. Cela a impliqué des forces proches du gouvernement, des groupes de l’opposition tadjike unie et des combattants non affiliés. La plus grave a été la mutinerie du 4 au 7 novembre 1998, menée par le colonel Khudojberdiev à Khujand. Environ 300 personnes ont été tuées et environ 650 blessées dans les affrontements. Parmi les personnes impliquées dans la mutinerie figuraient l’ancien Premier ministre Abdullayanov, son frère Abduga-ni Abdullayanov, ancien maire de Khujand, et l’ancien vice-président Narzullo Dustow.
Au cours du second semestre 1999, des progrès ont été réalisés en ce qui concerne les accords de 1997. Lors d’une réunion entre le président Nuri et le président Rahmonov le 17 juin, il a été décidé de mettre la réforme constitutionnelle à l’ordre du jour et de poursuivre la mise en œuvre des accords de 1997. Début août, Nuri a déclaré que l’opposition avait atteint ses objectifs militaires et qu’il n’y avait pas besoin d’action militaire, ce qui a permis à la Cour suprême, en vertu de l’accord du 17 juin, de lever l’interdiction de 1993 sur quatre partis d’opposition le 12 août 1999. Six semaines plus tard, le 26 septembre 1999, un référendum national a été organisé, au cours duquel 71,8 % des électeurs qui y ont participé ont approuvé les amendements à la Constitution du Tadjikistan. Des modifications ont été apportées à 27 articles, dont l’autorisation de former des partis religieux, un parlement bicaméral et l’extension du mandat du président à sept ans.
Le 18 octobre 1999, l’IRP a déclaré qu’elle boycotterait les élections présidentielles prévues pour le 6 novembre 1999, principalement parce que la Commission électorale centrale n’a pas autorisé les candidats de l’opposition à participer aux élections. Quelques heures avant les élections, le PEV a levé le boycott après que Nuri ait reçu l’assurance de Rakhmonov que les futures élections parlementaires se tiendraient en 2000. Le seul rival de Rakhmonov était Davlat Usmon, un représentant du PEV, qui a qualifié l’élection de farce. Rakhmonov a reçu 97% des votes.
Si certains petits partis d’opposition ont été interdits, des élections à la chambre basse du Parlement, la Chambre des représentants, ont eu lieu le 27 février et le 12 mars 2000. Malgré les accusations d’irrégularités de campagne et d’élections, le Parti démocratique du peuple du Tadjikistan et les partis qui le soutiennent ont remporté plus des deux tiers des 63 sièges. Le PDPT remporte 34 sièges, les communistes 13, les députés indépendants 14 et les islamistes seulement 2. Saydullo Khairulloyev devient président de la chambre.
Avec la tenue des élections législatives, la période de transition prévue dans l’accord de 1997 avec la PNC a pris fin et le PDPT a tenu sa dernière réunion et a cessé d’exister le 26 mars 2000. Toutefois, un certain nombre de problèmes restent sans solution, notamment le manque d’harmonisation des relations interrégionales.
Lors des élections de 2000 à la Chambre des représentants, le PEV et le DPT avaient des listes séparées, ce qui indiquait la dissolution définitive de l’opposition tadjike unie. Bien que plusieurs nouveaux partis soient apparus depuis 1997, le ministère de la justice leur a refusé l’enregistrement.
Des élections régulières aux organes législatifs supérieurs ont eu lieu au Tadjikistan en 2005, consolidant la domination des forces pro-gouvernementales dans le système de pouvoir. La relative stabilisation du système politique est due non seulement aux activités ciblées du régime Rakhmonov, mais aussi à un certain nombre de facteurs externes, notamment la normalisation de la situation autour du Tadjikistan après la défaite du régime taliban en Afghanistan et le soutien des pays de l’OCS à Douchanbé dans sa lutte contre les groupes islamiques radicaux dans la région.
Emomali Rakhmonov a de nouveau remporté les élections présidentielles en octobre 2020.
