27 июня 1997 года Президент Рахмонов и лидер Объединенной таджикской оппозиции Нури подписали в Москве Общее соглашение о мире и национальном соглашении, после того Таджикистан официально прекратил гражданскую войну. Соглашение, дополненное протоколом по военным проблемам, подписанным 8 марта 1997 г., предусматривало легализацию всех сторон, формирующих Объединенную таджикскую оппозицию, возвращение беженцев и оппозиционных сил, дислоцированных в Афганистане, и их интеграцию в существующую армию, а также предоставление Объединенной таджикской оппозиции 30 %-ной квоты в правительстве и региональных органах власти. Стороны согласились с тем, что Комиссия по национальному примирению должна состоять из 26 человек, разделенных поровну между правительством и Объединенной таджикской оппозицией. Реализация соглашения не прошла гладко, и в середине января Объединенная таджикская оппозиция временно вышла из состава Комиссии, обвинив правительство в намеренном затягивании реализации соглашения. Чтобы избежать дальнейшей эскалации конфликта, 12 февраля 1998 г. президент Рахмонов был вынужден назначить в кабинет пять представителей Объединенной таджикской оппозиции. К концу 1998 года президент Рахмонов назначил в кабинет 14 представителей Объединенной таджикской оппозиции, хотя лишь немногие из них занимали решающие посты. Среди них были представитель Демократической партии Абдунаби Сатторзода (заместитель Министра иностранных дел) и Мирзо Зиёев, видный деятель ПИВТ и лидер Объединенной таджикской оппозиции, который хотел получить пост Министра обороны, но был вынужден согласиться возглавить Министерство по чрезвычайным ситуациям. В то же время Акбар Тураджонзода, один из видных лидеров оппозиции, был назначен на должность первого вице-премьера, которую он занимал до 2005 года.
Отдельные военные столкновения продолжались на протяжении 1998 года. Речь шла о силах, близких к правительству, группах Объединенной таджикской оппозиции и не связанных с ней боевиках. Самым серьезным был мятеж с 4 по 7 ноября 1998 года во главе с полковником Худойбердиевым в Худжанде. Около 300 человек погибли и около 650 получили ранения в ходе столкновений. В мятеже участвовали бывший премьер-министр Абдуллаянов, его брат Абдугани Абдуллаянов, бывший мэр Худжанда и бывший вице-президент Нарзулло Дустоу.
Во второй половине 1999 года был достигнут прогресс по соглашениям 1997 года. На встрече Президента Нури и Президента Рахмонова 17 июня было принято решение включить в повестку дня конституционную реформу и продолжить реализацию соглашений 1997 года. В начале августа Нури заявил, что оппозиция достигла своих военных целей и что нет необходимости в военных действиях, что позволило Верховному суду в соответствии с соглашением от 17 июня снять запрет 1993 года на деятельность четырех оппозиционных партий 12 августа 1999 года. Шесть недель спустя, 26 сентября 1999 г., был проведен всенародный референдум, в котором 71,8% избирателей, принявших участие, одобрили поправки в Конституцию Таджикистана. Были внесены поправки в 27 статей, включая разрешение на создание религиозных партий, двухпалатного парламента и продление срока полномочий президента до семи лет.
ПИВТ заявила 18 октября 1999 года, что она бойкотирует президентские выборы, намеченные на 6 ноября 1999 года, главным образом потому, что Центральная избирательная комиссия не разрешила оппозиционным кандидатам участвовать в выборах. За несколько часов до выборов ИПИ снял бойкот после того, как Нури получил заверения от Рахмонова в том, что будущие парламентские выборы будут проведены в 2000 году. Единственным соперником Рахмонова был представитель EPI Давлат Усмон, который назвал выборы фарсом. Рахмонов получил 97% голосов.
В то время как некоторые небольшие оппозиционные партии были запрещены, 27 февраля и 12 марта 2000 года были проведены выборы в нижнюю палату парламента – Палату представителей. Несмотря на обвинения в нарушениях в ходе предвыборной кампании и выборов, Народно-демократическая партия Таджикистана и поддерживающие ее партии получили более двух третей из 63 мест. НДПТ получила 34 места, коммунистов – 13, независимых депутатов – 14, исламистов – только 2, председателем палаты стал Сайдулло Хайруллоев.
С проведением парламентских выборов закончился переходный период, установленный в соглашении КНП 1997 года, а НДПТ провела свое последнее заседание и прекратила свое существование 26 марта 2000 года. Однако ряд проблем оставался нерешенным, в том числе отсутствие гармонизации межрегиональных отношений.
На выборах в Палату представителей в 2000 году ИПД и КДС имели отдельные списки, указывающие на окончательный роспуск Объединенной таджикской оппозиции. Хотя с 1997 года появилось несколько новых партий, им было отказано в регистрации Министерством юстиции.
В 2005 году в Таджикистане были проведены очередные выборы в высшие законодательные органы, что закрепило доминирование проправительственных сил во властной системе. Относительная стабилизация политической системы была обусловлена не только целенаправленными действиями режима Рахмонова, но и рядом внешних факторов, в частности, нормализацией ситуации вокруг Таджикистана после поражения режима талибов в Афганистане и поддержкой Душанбе странами ШОС в борьбе с радикальными исламскими группировками в регионе.
Эмомали Рахмонов вновь победил на президентских выборах в октябре 2020 года.
