Am 27. Juni 1997 unterzeichneten Präsident Rachmonow und der Anführer der Vereinigten Tadschikischen Opposition Nuri in Moskau das Allgemeine Abkommen über die Herstellung von Frieden und nationalem Einvernehmen, das den Bürgerkrieg in Tadschikistan formell beendete. Das Abkommen, das durch ein am 8. März 1997 unterzeichnetes Protokoll über militärische Probleme ergänzt wurde, sah die Legalisierung aller Parteien, die die der Vereinigte Tadschikische Opposition bildeten, die Rückkehr der Flüchtlinge und der in Afghanistan stationierten Oppositionskräfte und ihre Integration in die bestehende Armee sowie die Gewährung einer 30-prozentigen Quote für die Vereinigte Tadschikische Opposition in der Regierung und den regionalen Behörden vor. Die Parteien kamen überein, dass die Nationale Versöhnungskommission 26 Personen umfassen soll, die zu gleichen Teilen aus der Regierung und der Vereinigten Tadschikischen Opposition stammen. Die Umsetzung des Abkommens verlief nicht reibungslos, und Mitte Januar zog sich die Vereinigte Tadschikische Opposition vorübergehend aus der Kommission zurück und beschuldigte die Regierung, die Umsetzung absichtlich verzögert zu haben. Um eine weitere Eskalation des Konflikts zu vermeiden, musste Präsident Rachmonow am 12. Februar 1998 fünf Vertreter der Vereinigten Tadschikischen Opposition in das Kabinett berufen. Bis Ende 1998 hatte Präsident Rachmonow 14 Vertreter der Vereinigten Tadschikischen Opposition ins Kabinett berufen, obwohl nur wenige von ihnen entscheidende Positionen innehatten. Dazu gehörten der Vertreter der Demokratischen Partei, Abdunabi Sattorzoda (Stellvertretender Außenminister), und Mirzo Ziyoev, eine prominente Persönlichkeit der IRP und Anführer der Vereinigten Tadschikischen Opposition, der den Posten des Verteidigungsministers wollte, aber zustimmen musste, das Ministerium für Notfälle zu leiten. Gleichzeitig erhielt Akbar Turajonzoda, einer der prominenten Oppositionsführer, das Amt des Ersten Vizepremierministers, das er bis 2005 innehatte.
Getrennte militärische Konfrontationen dauerten das ganze Jahr 1998 hindurch an. Daran beteiligt waren regierungsnahe Kräfte, Gruppen der Vereinigten Tadschikischen Opposition und nicht angegliederte Kämpfer. Die schwerwiegendste war die Meuterei vom 4. bis 7. November 1998, die von Oberst Chudojberdiew in Chudschand angeführt wurde. Bei den Zusammenstößen wurden etwa 300 Menschen getötet und etwa 650 verletzt. An der Meuterei beteiligt waren unter anderem der ehemalige Premierminister Abdullajanow, sein Bruder Abduga-ni Abdullajanow, ehemaliger Bürgermeister von Chudschand, und der ehemalige Vizepräsident Narzullo Dustow.
In der zweiten Hälfte des Jahres 1999 wurden Fortschritte bei den Vereinbarungen von 1997 erzielt. Bei einem Treffen zwischen Präsident Nuri und Präsident Rahmonow am 17. Juni wurde beschlossen, die Verfassungsreform auf die Tagesordnung zu setzen und die Umsetzung der Vereinbarungen von 1997 fortzusetzen. Anfang August erklärte Nuri, dass die Opposition ihre militärischen Ziele erreicht habe und keine Notwendigkeit für militärische Maßnahmen bestehe, was es dem Obersten Gerichtshof im Rahmen des Abkommens vom 17. Juni ermöglichte, das Verbot von 1993 gegen vier Oppositionsparteien am 12. August 1999 aufzuheben. Sechs Wochen später, am 26. September 1999, fand ein nationales Referendum statt, bei dem 71,8% der Wähler, die daran teilnahmen, Änderungen der Verfassung Tadschikistans zustimmten. An 27 Artikeln wurden Änderungen vorgenommen, darunter die Erlaubnis zur Gründung religiöser Parteien, ein Zweikammerparlament und die Verlängerung der Amtszeit des Präsidenten auf sieben Jahre.
Am 18. Oktober 1999 erklärte die IRP, daß sie die für den 6. November 1999 geplanten Präsidentschaftswahlen boykottieren werde, vor allem weil die Zentrale Wahlkommission den Kandidaten der Opposition die Teilnahme an den Wahlen nicht gestattete. Wenige Stunden vor den Wahlen hob das EPI den Boykott auf, nachdem Nuri von Rachmonow die Zusicherung erhalten hatte, dass künftige Parlamentswahlen im Jahr 2000 stattfinden würden. Rachmonows einziger Konkurrent war Davlat Usmon, ein Vertreter des EPI, der die Wahl als Farce bezeichnete. Rachmonow erhielt 97% der Stimmen.
Während einige kleine Oppositionsparteien verboten wurden, fanden am 27. Februar und 12. März 2000 Wahlen zum Unterhaus des Parlaments, dem Repräsentantenhaus, statt. Trotz des Vorwurfs von Wahlkampf- und Wahlunregelmäßigkeiten gewannen die Demokratische Volkspartei Tadschikistans und die sie unterstützenden Parteien mehr als zwei Drittel der 63 Sitze. Die PDPT gewann 34 Sitze, die Kommunisten 13, unabhängige Abgeordnete 14 und Islamisten nur 2. Saydullo Khairulloyev wurde Vorsitzender der Kammer.
Mit der Abhaltung von Parlamentswahlen endete die im PNC-Abkommen von 1997 festgelegte Übergangszeit, und die PDPT hielt ihre letzte Sitzung ab und hörte am 26. März 2000 auf zu existieren. Eine Reihe von Problemen blieb jedoch ungelöst, darunter die mangelnde Harmonisierung der interregionalen Beziehungen.
Bei den Wahlen zum Repräsentantenhaus im Jahr 2000 hatten das EPI und das DPT getrennte Listen, was auf die endgültige Auflösung der Vereinigten Tadschikischen Opposition hindeutete. Obwohl seit 1997 mehrere neue Parteien entstanden sind, wurde ihnen die Registrierung durch das Justizministerium verweigert.
Im Jahr 2005 fanden in Tadschikistan regelmäßige Wahlen zu den höheren gesetzgebenden Körperschaften statt, wodurch die Dominanz regierungsfreundlicher Kräfte im Machtsystem zementiert wurde. Die relative Stabilisierung des politischen Systems war nicht nur auf die gezielten Aktivitäten des Rachmonow-Regimes zurückzuführen, sondern auch auf eine Reihe externer Faktoren, insbesondere die Normalisierung der Lage um Tadschikistan aufgrund der Niederlage des Taliban-Regimes in Afghanistan und die Unterstützung der SOZ-Länder für Duschanbe im Kampf gegen radikal-islamische Gruppen in der Region.
Emomali Rachmonow gewann erneut die Präsidentschaftswahlen im Oktober 2020.
