Il 27 giugno 1997, il presidente Rakhmonov e il leader dell’opposizione tagika unita Nuri firmarono a Mosca l’accordo generale sulla creazione della pace e dell’accordo nazionale, che mise formalmente fine alla guerra civile in Tagikistan. L’accordo, completato da un protocollo sui problemi militari firmato l’8 marzo 1997, prevedeva la legalizzazione di tutti i partiti che formavano l’Opposizione Unita Tagika, il ritorno dei rifugiati e delle forze di opposizione di stanza in Afghanistan e la loro integrazione nell’esercito esistente, e la concessione di una quota del 30 per cento per l’Opposizione Unita Tagika nel governo e nelle autorità regionali. Le parti hanno concordato che la Commissione di riconciliazione nazionale dovrebbe essere composta da 26 persone, equamente scelte tra il governo e l’opposizione unita tagika. L’attuazione dell’accordo non è andata liscia, e a metà gennaio l’Opposizione unita tagika si è temporaneamente ritirata dalla commissione, accusando il governo di ritardare deliberatamente la sua attuazione. Per evitare un’ulteriore escalation del conflitto, il presidente Rakhmonov ha dovuto nominare cinque rappresentanti dell’Opposizione unita tagika nel gabinetto il 12 febbraio 1998. Alla fine del 1998, il presidente Rakhmonov aveva nominato 14 rappresentanti dell’Opposizione unita tagika nel gabinetto, anche se solo alcuni di loro occupavano posizioni decisive. Tra questi, il rappresentante del Partito Democratico Abdunabi Sattorzoda (vice ministro degli Esteri) e Mirzo Ziyoev, un esponente di spicco dell’IRP e leader dell’Opposizione Unita Tajika, che voleva il posto di ministro della Difesa ma ha dovuto accettare di dirigere il ministero delle Emergenze. Allo stesso tempo, ad Akbar Turajonzoda, uno dei leader di spicco dell’opposizione, è stato dato il posto di primo vice primo ministro, che ha tenuto fino al 2005.
Scontri militari separati continuarono per tutto il 1998. Questi hanno coinvolto forze filogovernative, gruppi dell’Opposizione unita tagica e combattenti non affiliati. Il più grave è stato l’ammutinamento del 4-7 novembre 1998 guidato dal colonnello Khudoyberdiev a Khujand. Circa 300 persone sono state uccise e circa 650 ferite negli scontri. Tra le persone coinvolte nell’ammutinamento c’erano l’ex primo ministro Abdullayanov, suo fratello Abduga-ni Abdullayanov, ex sindaco di Khujand, e l’ex vicepresidente Narzullo Dustov.
Nella seconda metà del 1999 sono stati fatti progressi sugli accordi del 1997. In un incontro tra il presidente Nuri e il presidente Rahmonov il 17 giugno, è stato deciso di mettere all’ordine del giorno la riforma costituzionale e di continuare ad attuare gli accordi del 1997. All’inizio di agosto, Nuri dichiarò che l’opposizione aveva raggiunto i suoi obiettivi militari e che non c’era bisogno di un’azione militare, il che permise alla Corte Suprema, in base all’accordo del 17 giugno, di revocare il divieto del 1993 a quattro partiti di opposizione il 12 agosto 1999. Sei settimane dopo, il 26 settembre 1999, si è tenuto un referendum nazionale in cui il 71,8% degli elettori che hanno partecipato hanno approvato gli emendamenti alla costituzione del Tagikistan. Sono stati apportati emendamenti a 27 articoli, tra cui il permesso di fondare partiti religiosi, un parlamento bicamerale e l’estensione del mandato del presidente a sette anni.
Il 18 ottobre 1999, l’IRP ha dichiarato che avrebbe boicottato le elezioni presidenziali previste per il 6 novembre 1999, principalmente perché la Commissione elettorale centrale non ha permesso ai candidati dell’opposizione di partecipare alle elezioni. Poche ore prima delle elezioni, l’EPI ha revocato il boicottaggio dopo che Nuri ha ricevuto assicurazioni da Rakhmonov che le future elezioni parlamentari si sarebbero tenute nel 2000. L’unico concorrente di Rakhmonov era Davlat Usmon, un rappresentante dell’EPI, che ha definito le elezioni una farsa. Rakhmonov ha ricevuto il 97% dei voti.
Mentre alcuni piccoli partiti di opposizione sono stati banditi, le elezioni per la camera bassa del parlamento, la Camera dei Rappresentanti, si sono tenute il 27 febbraio e il 12 marzo 2000. Nonostante le accuse di campagna elettorale e di irregolarità, il Partito Democratico del Popolo del Tagikistan e i suoi partiti sostenitori hanno vinto più di due terzi dei 63 seggi. Il PDPT ha ottenuto 34 seggi, i comunisti 13, i deputati indipendenti 14 e gli islamisti solo 2. Saydullo Khairulloyev è diventato presidente della camera.
Con lo svolgimento delle elezioni parlamentari, il periodo di transizione previsto dall’accordo PNC del 1997 è terminato e il PDPT ha tenuto la sua ultima sessione e ha cessato di esistere il 26 marzo 2000. Tuttavia, una serie di problemi sono rimasti irrisolti, tra cui la mancanza di armonizzazione delle relazioni interregionali.
Nelle elezioni del 2000 alla Camera dei Rappresentanti, l’EPI e il DPT avevano liste separate, indicando la dissoluzione definitiva dell’Opposizione Unita Tajika. Anche se diversi nuovi partiti sono emersi dal 1997, è stata negata loro la registrazione da parte del Ministero della Giustizia.
Nel 2005 si sono tenute in Tagikistan elezioni regolari per gli organi legislativi superiori, cementando il dominio delle forze filogovernative nel sistema di potere. La relativa stabilizzazione del sistema politico non è stata dovuta solo alle attività mirate del regime di Rakhmonov, ma anche a una serie di fattori esterni, in particolare la normalizzazione della situazione intorno al Tagikistan dovuta alla sconfitta del regime talebano in Afghanistan e il sostegno dei paesi della SCO a Dushanbe nella lotta contro i gruppi radicali islamici nella regione.
Emomali Rakhmonov ha vinto di nuovo le elezioni presidenziali nell’ottobre 2020.
